Młyn Górny, od chwili jego wybudowania ok. 1404 roku, aż do I połowy XX wieku,
kilkukrotnie ulegał zniszczeniu wskutek wojen i pożarów.

Po raz pierwszy został zdewastowany podczas potopu szwedzkiego w roku 1658 lub 1659. Następnie palił się w 1859 i 1882 roku. Najgorszy w skutkach pożar, który doszczętnie strawił wnętrze odbudowanego po poprzednim pożarze młyna, miał miejsce w nocy z 20 na 21 sierpnia 1909 roku. Straż pożarna uratowała przed płomieniami maszynownię oraz spichlerz, jednakże sam młyn spłonął doszczętnie, ostały się jedynie mury. Budynek został następnie odbudowany w latach 1909 – 1911.

O kulisach tego straszliwego pożaru, w którym na szczęście nikt nie zginął, świadczy wycinek relacji redaktora z gazety Der Gesellige.

” To był ogień jakiego nie było w Grudziądzu od wielu lat! Przerażająco piękne przedstawienie. O 20:15 ujrzano potężną czarną chmurę dymu unoszącą się nad budynkiem młyna i przetaczającą się przez teren gazowni i budynku Kamlarii. Nagle buchnął wielki płomień i ukazały się języki ognia w chmurze dymu. Kwadrans potem płomień stał się tak jasny, że w oddalonych o kilkaset metrów domach przy Börgenstrasse [obecnie ul. Sienkiewicza] można było czytać małe litery. Od godziny 0.00 do 10:00 widać było tryskające fontanny ognia i miliony iskier z płonących otrębów i drewnianej konstrukcji itp. Wznosiły się one ku nocnemu niebu a rój iskier opadał wirując jak na pokazie sztucznych ogni na leżące w pobliżu dachy, ześlizgiwał się po żelaznym płaszczu  potężnego cylindra zbiornika gazu: iskry były jednak szybko unieszkodliwiane strumieniami wody z gaśnic. Na krytych papą dachach elektrowni zimny strumień wody wkrótce zmywał iskry”.

Po raz ostatni młyn ucierpiał podczas walk pomiędzy Armią Czerwoną a wojskiem niemieckim zimą 1945 roku.

fot. Rysunek Młyna Górnego, projekt odbudowy po pożarze, 1909 r., źródło Archiwum Państwowe w Toruniu